Debido a que típicamente el asma, las alergias y los trastornos inmunológicos son afecciones crónicas, la División de Alergias / Inmunología sigue a los niños a lo largo del tiempo, ajustando el tratamiento según sea necesario. Muchas alergias infantiles e incluso el asma pueden desaparecer con el tiempo.
Las opciones de tratamiento disponibles incluyen medicamentos para la alergia (farmacoterapia) para trastornos como la fiebre del heno. Las vacunas contra la alergia (inmunoterapia) se consideran para pacientes que no responden a la medicación. A los niños con alergias alimentarias se les suele instruir en el uso de emergencia de autoinyectores de adrenalina, así como en el manejo dietético. La educación del paciente suele ser útil para los niños con alergia a los ácaros del polvo, la caspa de los animales, el polen o las esporas del moho.